希望球団への入団を巡っては、痛ましい事件も発生した。98年のドラフトでオリックスに1位指名されたヤクルト・新垣渚（34）は、「ダイエー以外なら進学」と発言。挨拶を門前払いされるなど、説得に失敗したオリックス・三輪田勝利編成部長（当時）は追い込まれた。そしてドラフトから1週間後、三輪田氏は宿泊先の沖縄県内のホテルの窓から投身自殺を図る。
「飛び降りた窓枠の下から指紋が出ています。つまり、外側からブラ下がったとわかった。外壁にも爪先で蹴った、よじ登ろうとしたような痕がありました。恐らく、ブラ下がって手を離そうとしたけれど、早まったことを、と我に返り、もがいたのではないか」（当時を知る捜査関係者）
その日の朝、三輪田氏は「食欲がない」と言ってホテルの朝食バイキングにはほとんど手をつけず、一杯のそうめんだけを食べていたという。
さて、ドラフト史上、最も「異色の」トラブルといえば多田野数人（34）＝10月1日に日本ハム退団発表＝の「ビデオ騒動」だろう。02年のドラフトを前に、多田野がビデオに出演していた過去があるとの報道がなされ、全球団が指名を回避。マスコミはその理由を「故障のため」と報じた。
「さる在京球団の幹部に聞いたところでは、横浜が指名するつもりだったそうです。当初、多田野をマークしていた他球団は『事実』を知って手を引いた。横浜だけが、公に報道されるまで、その情報を知らなかったのです」（飯山氏）
多田野はアメリカに渡り、インディアンスなどを経て07年のドラフトで日本ハムに1位指名された。飯山氏はその理由について、
「アメリカで多田野は英文の声明を出し、『当時は若くお金も必要だった。深く後悔している。二度と同じ間違いをすることはない』と出演を認め、同性愛者ではない、と釈明しました。その後、アメリカでの行状、素行も問題なかったという経過観察をしたうえで、獲得OKとの判断をしたのです」
最後は「一場栄養費事件」。明治大学時代の04年、一場靖弘氏（32）に巨人、阪神、横浜が食事代や交通費名目で「栄養費」なる小遣いを渡していたことが発覚し、3球団のオーナーが辞任する騒動に発展した。結局、その年のドラフトでは楽天に指名され、入団。現在は通信機器販売会社に勤務する一場氏は10月1日のテレビ番組「ヨソで言わんとい亭」（テレビ東京系）に出演し、「『これで帰ってくれ』と、いろんな球団から車代を渡された」と告白している。同じく出演した元阪神の藤田太陽氏（34）もまた、「各球団、額はそれぞれだけど、御飯をごちそうになったあと、『これで体を作りなさい』と、封筒をもらった」と、「栄養費」の存在を明らかにしている。
安楽智大（済美高）、高橋光成（前橋育英高）らが目玉とされる今年のドラフト。盛り上がってほしい一方で、「事件」が起きないことを祈るばかりである。
